Diakonia har dock redan lämnat södra Somalia. I oktober förra året stängde man kontoret, dels för att det inte var finansierat och dels på grund av säkerhetsläget. De amerikanska organisationernas utrustning har dock konfiskerats av al-Shabab.

Diakonias verksamhet är i dag koncenterad till Puntland i norra Somalia. Där är al-Shababs inflytande litet.